導讀：諾如病毒（NoV）是全球急性胃腸炎（AGE）的主要病因之一，對公共衛生構成重大威脅。為了更好地監測和控制NoV的傳播，研究通過(guò)深圳市的污水監測，探討了NoV的流行趨勢和基因型多樣性。研究發(fā)現強調了污水監測在反映人群水平NoV感染、捕捉NoV基因型多樣性以及利用污水中的NoV RNA作為特定指標補充臨床監測數據，以增強預測NoV流行時(shí)間和強度的能力。此外，研究還建立了NoV濃度的基線(xiàn)值，可用于實(shí)施早期預警系統和非藥物干預措施，以減輕潛在爆發(fā)的影響。
樣品采集
污水樣本收集與處理：研究中提到的污水監測是通過(guò)從深圳38個(gè)污水處理廠(chǎng)收集污水樣本進(jìn)行的，收集頻率為每周一次或兩次，時(shí)間跨度為2023年3月至2024年2月。樣本采用24小時(shí)復合樣本，每小時(shí)收集125毫升污水，并使用改良的“PEG（聚乙二醇）沉淀法”進(jìn)行濃縮。濃縮后的樣本使用自動(dòng)核酸提取平臺HBNP-9601A進(jìn)行RNA提取，最終洗脫體積為50微升。隨后，使用NoV GI & NoV GII Duplex-Detection Kit進(jìn)行逆轉錄定量PCR（RT-qPCR）檢測，在PCR延伸階段測量NoV GI和GII目標基因的熒光強度，并使用人工合成的質(zhì)粒DNA作為標準曲線(xiàn)進(jìn)行定量。此外，還進(jìn)行了PMMoV（Pepper Mild Mottle Virus）RT-qPCR作為定性?xún)炔恐甘酒?，以控制檢測過(guò)程的質(zhì)量。數據分析使用Microsoft Excel 2019進(jìn)行整理，使用Stata 17.0進(jìn)行分析，通過(guò)配對T檢驗評估NoV GI和NoV GII濃度的差異，使用斯皮爾曼等級相關(guān)檢驗評估污水中的NoV濃度與哨點(diǎn)醫院檢測率之間的關(guān)系，并使用iTOL（Interactive Tree Of Life）繪制進(jìn)化樹(shù)，使用R語(yǔ)言4.0.3進(jìn)行圖表制作和統計分析。
檢測結果
基因型鑒定：通過(guò)高通量測序和生物信息學(xué)分析，鑒定出100個(gè)污水樣本中的24種NoV基因型。病毒濃度：NoV GI和GII的濃度范圍分別為5.0 × 10^4至1.7 × 10^6 copies/L和4.1 × 10^5至4.5 × 10^6 copies/L，GII的濃度高于GI?；蛐头植迹鸿b定出9種NoV GI基因型和15種NoV GII基因型，GII.4和GII.17是主要的優(yōu)勢基因型。與臨床數據的相關(guān)性：污水中的NoV GI和GII濃度與哨點(diǎn)醫院的NoV感染檢測率存在中等相關(guān)性?；蛐土餍汹厔荩篏II.4和GII.17在不同地區的相對豐度趨勢相似，提示存在跨區域傳播的風(fēng)險。
參考文獻：Yue Z, Shi X, Zhang H, et al. The viral trends and genotype diversity of norovirus in the wastewater of Shenzhen, China[J]. Science of The Total Environment, 2024: 174884.
來(lái)源：微生物安全與健康網(wǎng)，作者~教楊。
